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荷兰人数稀少，并不需要多大的军队，但是奉圣军进入，却并不仅仅只是击退荷兰人，更重要的是，朱由校看上了克拉地峡的地理位置，这了正好位于整个半岛的最狭窄处，正是最适合开凿运河的地段。
后世因为各种政治原因，这里的运河一直开凿不了，但是现在却没有这么多的问题，在进故宫一番激烈的战斗，以排枪、丛林战挫败了荷兰人的企图后，奉圣军并没有归国，而是在当地驻扎下来。
开始招募人手，开凿运河。一方面，他是为了避免和西班牙葡萄牙两国冲突，从而实现染指印度洋的企图，另一方面，也是经济方面的原因，从克拉地峡出去的话，能够减少一个月的时间，而且能让大明的商人直接联系到阿拉伯这群中转贩子，能够减少一层盘剥。
开凿运河是一个巨大花销的工程，以大明此时的国力，是绝对支撑不起全国阻路和克拉运河的花费，故而，朱由校只能从其他方面来减少花销，比如，奴隶。
南洋有着大量的人力资源，当地的土著因为气候原因，根本不用耕作，大量的水果和植被，让他们可以过上舒舒服服的日子。
虽然这些人不是良好的劳力，但是朱由校又不需要他们做什么精细的活，挖掘土地而已，只要鞭子狠狠的抽，什么样的懒惰土著都会勤快起来。
于是，后世饱受诟病的奴隶贸易便兴起了，大量的土著被西班牙和葡萄牙两国给抓起来，然后送到奉圣军处，受到他们的驱使，开凿运河。
当然，大明商人也不可避免的参与其中了，毕竟一个青状劳力五两银子，简直是无本买卖，送上一船就是上千两的收益啊。于是，很多商人便自带刀剑，雇佣人手，到真个南洋到处去抓土著。
在这个贸易很多人赚到了第一桶金，借此参与到了这个大兴之世，而克拉地峡，却无端的吞没了上百万南洋土著的尸骨，花费了整整十年的时间才修建好。、
而因为南洋劳力的减少，很多承包土地的大明商人没有劳动力，便纷纷也加入到了世界黑奴贸易当中，从非洲大陆购买农奴，相对于当地的土著，非洲农奴显然更加勤恳的多，于是，奴隶贸易彻底在南洋兴盛起来。
对于这个情况，朱由校没有做任何处置，只是严厉禁止黑人奴隶流入到大明境内来，就连海外大明占领的土地，册封的封君，都不允许使用黑人奴隶。凡是发现者，没收全部财产，剥夺一切爵禄。这个严厉的处罚，令当时所有的人不解，直到到了后世，各地因为黑人解放运动时，才发现明圣祖的高明之处，对其高瞻远瞩的眼光钦佩不已。
当然，此时才是初期，由这个运河引起的罪恶贸易还未张开自己的大手，但是朱由校却已经预见了，不过他没有插手，只是默默的做了写预防手段。
当奉圣军进入高平时，羽林军、细柳军、铁骑军也都集结完毕，海军舰队也开始启动，支援岛津忠恒的反击战。十万大军登录九州岛，在岛津家的辅助和海军舰队大炮的支援下，一举将德川幕府的军队击溃。
而后，大明以日本德川幕府不尊王化，妄自称皇的名义，反动了讨伐战争，从九州岛出发，登录日本本州岛，朝着江户进军。
这一场战场朱由校并没有采取海军舰队突袭江户，运送士兵登录作战的闪电战，而是采用了阵地战，目的就是为了让其他的属国属地都看清楚，任何不尊大明旨意的国家，下场就是这样。
这是一场杀猴骇鸡的战场，同时也是一场耀武扬威的战争，炫耀的是大明的军力。当上千门大炮陈列一起，铺天盖地的炮火击发出去的时候，所有被邀请前来观战属国属地国王们，脸色纷纷大变。
无边无际的战列线，多的吓死人的大炮，严整的骑兵阵列，无不令这些小国骇然，真腊、暹罗两国虽然号称带甲之士十万，但是这是将民夫什么的都算上了，但是大明眼前的军队呢？
那可是纯粹的十五万战将啊，而后面的负责民夫以及后勤的岛津家还不算呢。尤其是犀利的火器，更是让五个国家的国王心中惊惧不已，那可是连西洋人都要钦佩的武器。
十五万职业军人纵横日本，当真是摧枯拉朽，所向披靡，然而，日本的抵抗也是非常的激烈，而且，意图一战定天下，打出日本三百年臣服的朱由校并没有搞什么闪击战术，而是任由德川幕府召集自己的力量，召集自己的人员，集中所有力量，俩一场大的会战。
朱由校一路进逼，一路扫荡，他的进程很缓慢，不光是战斗，还有占领和治理，帮助岛津家稳定地方的统治，对于这一个已经形成了自己语言和文化的国家实施政府，着实让内阁们涨了不少的经验。
天启九年，三月十二日，最终的决战来临了。大明和日本双方于江户城附近，囤积了所有的兵力。
大明一方以十万步兵，五万骑兵，五万后勤兵为主，共计二十万大军，而德川幕府方面人数却要多很多，穷搜全国之下，募集了整整四十万的兵力，整个战场都延绵了几十里。
三月十五日，正式的决战开始了，发起进攻的，依然大明方面，只见无数优秀的将领，带领这自己的排枪方阵战列线，稳步向前推进，而前方，则是死守的日本人，他们同样有着铁炮，也以同样的战术迎敌。
但是，缺少了火炮的他们，根本抵挡不住开头的炮轰，上前门大炮轰出后，战线崩溃，步兵推进，骑兵掩杀，不过是短短三日，四十万大军就溃败的一塌糊涂。
“天要忘日本啊！”第三大幕府将军，也是末代幕府将军，德川家光站在城头，看着下面狼奔猪突的浪人武士，满脸的悲凉，最后拔剑自刎。
三月十八日，德川幕府灭亡。
战后，自然是赔偿的诸多事宜，以岛津忠恒为首组建的日本政府，自然是千肯万肯，答应了无数的条件。
第一条就是放弃对北海道的占领。此时的日本虽然占据了北海道，但是上面并没有多少本族人口，只需要撤出来就好了。
而需要这个岛屿，也是朱由校听说这里是个养马圣地，故而毫不犹豫的拿了过来，除了这个外，还有对马岛等其他的一些岛屿，也由大明占领。最终，日本只剩下了本州、九州、四国三个大岛屿以及周边的一些小岛屿。
其他的很多经济利益，矿藏、军费赔偿等，更是不用说了。而事后，在战乱中，日本天皇成为罪魁祸首，被朱由校以日本祸乱之源，逾越大明礼制达千年之久的罪名，除以诛九族的惩罚。
随后，整个日本开始了大搜捕，凡是和天皇有干系的任何血脉，全部都被逮捕，屠杀，四月一十八日，整整一万人的天皇血脉在京都被处斩。
“日本，灭亡啦！”当代天皇，后水尾天皇幽幽叹息一声，随后被鬼头铡刀一刀枭首，斗大的头颅落在地上，咕噜噜滚动，眼睛更是睁的大大的，一副死不瞑目的样子。
这一天，被后世史学家称之为日本陆沉之日或者日落之日，标志着日本古典封建时代的灭亡，宣告着附庸时代的来临。
第二日，在大明的授意下，岛津忠恒迁都江户，并将之改名为东京，在这一日，在大明驻日本大使的主持下，岛津忠恒加冕为王，是为第一个日本真正意义上的国王。
朱由校并没有太过分的将日本降为属地，对于这样一个基本可算是独立的国家，属国的位置已经够勉强了，没必要给统治带来更大的麻烦。
天启九年中，日本算是平息下来，大明的军队也陆陆续续的撤回，连续不断的战争让军队也疲惫不堪，是时候该歇息下了。
整个下半年，出来奉圣军和禁卫军外，其他的五只野战军都开始了大放假，大轮休，一时间，数万军人归乡，除了带回来无数的荣誉外，还有非常多的财富，既刺激了国内的经济发展，又带动了一波参军热潮。
随着国内陷入平静，经济却开始了大发展，以前实施的各项政策开始了极大的促进作用。一时间，海内生平，各项文娱活动纷纷开展。
大明的商人也渐渐的开始走出国门，探索南洋，甚至越过马六甲海峡，抵达欧洲，而朱由校也以弟弟朱由检为正使，派遣了一只队伍前往欧洲游行。
很快，时间眨眼而过，天启年间的冬至来临了，这一天又是冬至大朝会，不过，在朝会之前，朱由校需要先行祭天，很快，无数仪官队伍簇拥着皇帝，来到了天坛。
这里不仅是祭天的场所，也是天帝观的总部所在，更是供奉传国玉玺的地方。当初抢夺了玉玺后，朱由校只是交给了百官们观赏，宣传了一番后，便没有当回事，只是放在了位于天坛的天帝观处供奉。