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咸丰七年之后，绿营新军制在大清各省顺畅推行，各省新炼獯营军力，一如天津光武新军旧制，这一方面是因为朝廷旨意全无半点折扣可打，各省畏惧皇威，不敢不为;另外一方面，从光武新军中走出的诸如胡小毛、林文察、朱洪章、鲍超、张运兰、刘铭传等人分散到各地，也起到了相当的作用。
但大清所属，只有一个台湾，游离于朝廷颁布的新军制之外，还是实行以绿营、团练共同组成台湾戍防的主力，其中自然是以绿营为主，后者为辅。他们的任务是稽查奸宄、护送行旅、传递公文、保卫住民。
而团练则是民间招募的武力，类似乡兵组织，多由当地大族或者郊商出面组成，虽然在纪律要求上被讥为乌合之众，但因为可以弥补战时的兵力不足，所以亦相当重要——在康熙末年的朱一贵到乾隆后期的林爽文，再到道光初叶的张丙事件，在这三次较大的民间起义事件中，团练都立功匪浅。
在台湾的戍防中，海防是重中之重，清朝在台湾岛内外设置汛防166处，起到了保卫海疆的作用。而在陆上，情况则要坏得多。绿营的任务其中有一条是缉捕匪类，这是一项很危险的工作。当时被称为贼薮的地方主要集中在笨港附近的白沙墩、秀才庄、下加冬、斗六门、半线一带（都属于台南）。
除了工作压力大，台湾恶劣的水土环境所造就的值勤环境更让士兵弁员惧怕——当时全部台湾都属于瘴乡，不过中毒的症状也有轻重不同。以淡水为分界，南部的情况略轻，虽有嚎跳发狂、寒热不等之苦，但只要勤加休养尚可痊愈;中淡水以北之瘴，则药石罔效，中者不
这还不算，绿营军的兵纪愈坏！这是因为从郡治到鸡笼·沿途只有茅港尾和笨港两处公馆可以投宿，入清以来的旧例，文武衙门差遣往来，当地的保长、通事、汛塘要负责打点·久而久之，这些负责接待的人不堪其扰，于是想到开赌场作为供给之资。此时班兵的饷银也充作客头的赌金。国家的正规部曲，摇身一变，成为赌场的金主了。
台湾兵事败坏的另外一个缘故，就是咸丰皇帝对于这里的情况的不闻不问。曾国藩、翁同书、李鸿章三个人分别在军机大臣、两江总督、前后福建巡抚任上上书，请求朝廷派专人到台湾去·认真管束、整理台湾军制，他却一概不准！
一直到咸丰二十年之后，在台湾出了牡丹社事件，他才很不情愿的降旨李鸿章，让从福建造船厂调四艘兵舰，其中还有一艘是在越南海战中受伤的扬波号，交付台湾巡查道拨付澎台防卫之用。
这种情况到了咸丰二十五年，在这一年中·日本在长崎设立了一个名为番地事务局的机构，以参议兼大藏卿大隈重信主持′陆军中将西乡从道为番地都督′陆军少将谷干成′海军少将赤松则良为参军′所谋不轨。
闽浙总督李鸿章上奏云：“臣查台湾番社′散处深山′虽未设立郡县′而推原疆禀′实皆台地幅员。纵该生番穴处猱居′久成荒服′第既为中国抚有之地，即当为圣朝管辖之区日本并未商准总理衙门骤行调将征兵′将人番境′虽云召酋开导′其心实不可测。”
不但是他·连奕也认为′“各国垂涎台湾已久′日本兵政寝强′尤濒海切近之患，早迟正恐不免耳。”
即便是在这样的情况下，皇帝依旧稳如泰山，对臣下的奏折根本不予理睬。这种消极怠工的态度让朝臣又难过，又失望！只当皇帝未过半百，就已经老糊涂了！但秉持着国士待我，国士报之的心思，这种请皇帝加强重视的奏折，依旧如雪片般从沿海各省呈递上来。
到咸丰二十六年的年初，皇帝觉得差不多了·若是再依旧故我下去，不明内情的人们还真的会以为朝廷对台湾放任不管呢！对日后台海用兵，会造成很坏的负面影响。因此，他的态度丕然一变！改消极怠工为积极防御，派李鹤年为分巡台湾道，调福建提督罗炳坤为台湾知府兼任海防南路理藩同知·共同办理台湾岛内兵气疲沓，疏于训练的问题。李鹤年不提，罗炳坤就是当年皇帝第一次驾幸江南，带赛香君和如烟夜游花车，把圣驾堵在车厢中，动弹不得的那个把总。
二十年而下，罗炳坤早已经做到一省提督的高位，但如今大清绿营，比当年更有不同，军官将佐分派林立，各重一方，这些人最看中的就是彼此的出身。
第一部分是截止咸丰十二年为止的光武新军所出;最高位的是做到兵部侍郎的朱洪章;其他如胡大毛、胡小毛兄弟、张运兰、林文察、程学启、潘鼎新等人;第二部分则是成立于咸丰十七年之后的天津、保定、黄埔三地的武备学堂所出，如今也都是一省总兵的大员。
第三种就是如罗炳坤这样，全无出身，只是在绿营军中熬年头，混资历混上来的。虽然击着提督军衔，但和前面两者，格格不入，很难进入到对方的圈子中去。
皇帝于这样的事情也是洞若观火，但军中这样的事情在所难免，即便是唐宗宋祖那样的英主也休想能够改变，而且，他也并不很在乎——朱洪章等所有这些人，都是自己登基之后一力捡拔而起，旁的事他不敢大言，对这些人，他有把握一道朱喻，就足以让他们俯首听命的。
罗炳坤上任之后，从南到北巡查全岛，在给朝廷所上的一折一片中，详细记述了所闻所见的兵事恶劣的详情。汛兵擅离汛地、武器操作不熟、兵房上堡崩塌无人闻问、将佐素质参差不齐、只有副将、参将、游击各一员及都司二员在任稍久，其余非阵亡事故即参革治罪，或甫经调任，加上士兵多新配，新补，在久未操练的情况下，兵将不相习已成必然。
有鉴于此，罗炳坤提出5事作为提升营中战力的重点，分别是：无事收藏器械以肃营规;演验军庄枪炮，以求可用;选择教师，孝习技艺，以备临敌;增设噶兰营兵制以资防守和移驻北路副将，以重形势。
除了他的奏折之外，还有新任分巡台湾道李鹤年也上奏折，痛陈台湾岛内官场积弊，说他们多系文儒，不习武事，诸将则把弓马技艺委诸弁兵风云沙则交给舵工水手，自己只懂得巧结升官的丑陋行径。
甚者，营兵在府治以开设‘公厅，的方式，私自划分势力范围，除了白昼劫夺财物，掳掠妇女外，还自营赌场、烟馆、娼寮、私曲等业务，地方官明知此事但不敢过问，原因只有一个，怕这些人受到制裁之后造成哗变。
这两个人一登岸就发现了这些弁兵毫无纪律造成的祸害：原来，郡城兵丁经常械斗抢夺百姓受其苦毒，早有积怨，在这两个新官上任之前，终于爆发开来：城市闭门罢市，城厢之内道路不通，台湾总兵叶绍春、道员仝卜年、知府史密称病告退，几乎是一副无政府状态了。
总算罗炳坤身边还带着三营战力，他们在战斗经验上或者不及山东、河南、两湖等省的军中袍泽，但用来对付台岛内的这些人还是不会成很大问题的，到这一年的年底，罗炳坤大力整顿营伍初见成效。虽然还是有营兵霸占街坊民防，私设公厅等情事，不过在其他案件的改革上，已经稍见起色。
他所作的第一件事就是精简兵额一半以上用省下来的经费捐项修理伙房;第二，加强查禁假冒衙门之棍徒，这些人在城门口肆意讹诈入城车辆，影响极坏，经过罗炳坤和李鹤年的打击，也很快销声匿迹了。
罗炳坤本来还提请朝廷，希望能够准许他整饬团练。因为团练终究属于乡兵性质，它可用于地方上的防卫，但因为训练、给饷等问题，还是能取代常设的营兵。罗炳坤提出把团练编为经制，但这件事在军机处打了回票，原因是练团丁常常有‘一呼百诺，的效果，很合乎抵御外敌时施行的策略——民心可用。
在这些革除弊政的条陈之外，皇帝又降旨，要严厉打击和追剿航行于澎台闽浙乃至往来琉球、日本航道上的中外走私贩子，对于这些人，不问走私货物多少，一经查获，不问属地、国籍，按照人数计算，超过0个人的，一律处死;少于这个数字的，一律发往黑龙江做苦役。而对于南洋海军和台湾所属海军中有人敢于徇私放纵的，不论是管带还是普通水手，一律处死！
上有朝廷的严刑峻法，下有李鹤年和罗炳坤的层层威逼，海军士兵不敢不尊，在海上的巡查也比往常认真了很多——这一次就逮的稻川垣等人，是近半年来所抓获的第十一批日本籍走私贩子了。总算他的船上的成员还不算很多，能够捡回一条性命，其他十艘船上的走私贩子，其中有六艘上的成员超过10人，都给押解到福州府城，呜嘟嘟几声号筒吹响，一刀斩讫，就这样稀里糊涂的做了异乡之鬼。
消息传到日本，引起本国人对清朝的极大不满！从咸丰八年中国和英法两国各自签署的《北京条约》起，中国人便收回了对外司法权，除外交使节受国际公法保护，有豁免权之外，其他各国的洋人在中国境内犯案，都要依照中国法律判决，等到日本和中国建立关系，这一条法规也因循下来的。
这本身并不能算错，但在日本人看来，只是为了走私，就要杀人，未免太过严苛了一点——只是走私，又不是杀人放火？中国人的这种做法，太粗暴，太野蛮了！而稻川垣及船员被押往黑龙江服五年苦役的判决，也再一次激起了日本国民的强烈不满！纟