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海军的情况就相对简单许多。内河舰队属于守备军，各海军舰队则属于常备军，内河舰队主要有长江第一、二、三舰队，各自负责武昌以西、安庆至武昌、镇江至安庆的防务，镇江以东江面则由驻崇明岛的海军第一海防舰队负责；黄河第一、第二舰队，各自负责东京以西和东京至淮安清江的河防，清江以东防务由驻海宁的海军第二海防舰队负责，此外还有海河河防舰队、辽河河防舰队，而渤海湾的防务则由驻金州的海军第三海防舰队负责。
海军还将编制成四个舰队，驻舟山昌国的第一舰队，负责北至耽罗岛，东至琉球，南至台湾海面的海防和制海权；驻威海的第二舰队，负责北至骨廆岛（库页岛），东至日本岛，南至耽罗岛海面的海防和制海权；驻香江的第三舰队，负责北至台湾岛，东至吕宋岛，南至南海的海防和制海权；第四舰队则驻马六甲，现在负责整个南海的战事。
此外还有驻昌国的第一海军陆战师，驻耽罗岛的胶州的第二海军陆战师。驻广州的第三海军陆战师，驻辽阳的第四海军陆战师，驻汉阳的第五海军陆战师，驻釜山的第六海军陆战师，驻台湾的第七海军陆战师，从钦州移驻到越陈海门镇的第八海军陆战师，共计八个海军陆战师，近十万余人。
整个海军包括守备舰队、常备舰队、海军陆战师只有四十万人，这是由于北伐和对北元战事的拖累，大明一直没有太多的钱财用于大规模的造舰，一级战列舰还只有“帝国荣耀”号和“大明万岁”号这两艘姊妹舰，大明海军的主力舰-三极战列舰也才造了六艘，平均一年一艘，倒是武装商船从明历元年开始造了六十艘，平均一年十艘，因为这船能迅速带来经济效益，而且是各商会下的订单，不用大明海军出钱。想来北边的战事已经基本结束，大明在未来一段时间应该要将重点放在海军建设上了。
由于在这次调整中，刘浩然将常备军、守备军全部明确职责，他们将只负责大明国防，不再参与国内治安维持等工作，只会在出现大的天灾、叛乱等重大事故时才会投入使用。
可是为了保障地方社会治安，刘浩然在这次调整提出新建巡防部队，即巡防营，以营为单位，上面有省巡防司和全国统一领导机构巡防总署。专门负责大明国内安全保卫任务以及防卫作战、抢险救灾等，如保卫省布政司以上官署、高级官员，重要的工厂或公共设施、重要的交通枢纽设施，重点区域或节假日、戒严期的武装巡逻，负责看管监狱、拘捕所，协助巡检司、都察御史官署、按察司、法务部调查局、计部、皇家银行等司法或重要财金部门进行拘捕、看押、解运等任务，处置暴乱、骚乱、严重刑事案件，以及边防巡逻等。
巡防营一般以队为驻守单位，驻守在县城附近，巡防营一般驻扎在府治，除了管理下署各巡防营分队之外，还有一支巡防队负责府治的治安任务。它按各省行政区域来划分省、府、县三极单位。
按照刘浩然的计划，准备编练四百个巡防营，也就是四十万，虽然还达不到每县一队，但是基本上可以覆盖大明大部分县，重要的工厂和设施。
巡防营接受内阁和枢密院双重领导，它的人员招募同陆军一样，由陆军部负责，实现和陆军一样的军衔，日常管理和训练由巡防总署向枢密院负责。由自己独立的军令署、军政署、军辎署，同时也接受枢密院的军政司、军令司和军辎司领导。但是巡防总署也接受内阁的调遣和指挥，各省、府、县的巡防司、巡防营也接受地方官府的调遣和指挥。
看到这里，在场的不少人在暗中猜测，这个新设的强权机构将会被划到哪个部去？十有八九是法务部，于是很多人都不由自主地看了一眼法务部的老大-周祯。法务部已经权势熏天，再加上这么一个半军事化的机构，那还了得。
在这次大调整中，刘浩然确定了服役期限，所有大明男丁在满十八岁和县、府学毕业之后，都服兵役的义务，他们必须到当地的县尉官署报到，接受资格审查，一旦身体、“政治”审查合格，必须接受朝廷的征召，服从分配，加入到守备军或巡防营，而常备军按照惯例从守备军中三月新兵训练优秀者选调。
刘浩然提出，守备军和巡防营兵役期限是三年，常备军服役期限是五年，士官可以达到十年，他们叫退伍；军官如果在五十岁前没有升上将军，也必须退役；而将军则是终身制，就算六十岁退休依然保持军籍，朝廷继续养着。而逃除兵役将受到严惩，处五年劳役和一笔罚金。
前宋朝当兵不是什么好事，好男儿一般情况下不会去当兵，大明自刘浩然占据江南以来，军中将士们待遇极高。又恰逢驱逐鞑虏光复中华的时期，百姓们又踊跃参军，加上刘浩然提倡的各种荣誉和宣传，长时间默化下来，使得大明陆海军将士的社会地位急剧提高，已经排到司政官员、大学教授、学校教师、医生的后面了，比律师和工匠还要靠前。
但是刘浩然知道，随着太平时期带来，开始稳定生活的大明百姓可能不会很踊跃地加入军队，参与对外扩张战争中去，为了继续保持军人的吸引性，刘浩然在这次调整中提出一揽子计划。
所有退伍的士兵，除了可以进入巡检司工作，还将获得一次免试进入各专学的机会，依照现在大明就业形势，各专学培养出来的人才将占据工、商、医、农等中级技术层，前途可是一片光明，虽然比不上诸大学毕业的学子，可是全国大学每年也只不过毕业不到一万余人，司政、医生、律师、工商各方面一分下去就没有几个了，反倒是各专学，一年能毕业近十万人，到哪里都吃香。而士官退伍。同样除了可以直接进入巡检司之外，还将获得一次进入大学学习的机会，更是不得了。刘浩然倒不担心士官的素质，他们能当上士官，必须考入士官学校学习，这个学习层面除了军事方面，在文化方面倒和大学预科差不多了。而且大部分士官都想着能考入军官学院，每年也考入一部分。
而军官退役之后，将免除司政考试，直接按照军衔级别降一级进入行政官员序列，又是一项极大的优待。
接着刘浩然宣布了枢密院几位大佬的名单。冯国用为都承旨签枢密院事，缪大亨为副都承旨同签枢密院事兼都镇抚使，刘存孝伟副都承旨同签枢密院事兼军政司录事总长，杨璟为军令司都司，康茂才为军辎司都司。参军总长刘浩然意属冯国胜，但是两兄弟同掌枢密院，他敢任命，冯氏兄弟也不敢接。再说了北方还需要冯国胜坐镇，一时脱不了身，只好再由冯国用兼任，因此也少了一个副都承旨同签枢密院事。
对枢密院和军方进行大调整之后，刘浩然又把目标转向了内阁等行政机构，最大的一项调整就是对内阁几个部进行了分拆。
工商部一分为二，分别成立商部和工部，运造部分别拆为营造部和运转部，这一点大家没有异议，毕竟随着大明的工商业发展，工与商已经开始分别占据大明国民经济的极大比重，再一个部门管就不好了，加上第一个五年计划的施行，不仅工业商业大规模发展，城市建设、道路建设、水利建设也获得长足的发展，所以分设营造部和运转部也是理所当然的。
但是让众人意想不到的是法务部也被分拆，分出一个内政部。不过大家想想，这也是情理之中，法务部权柄日益见重，一向讲权衡的皇帝陛下怎么能容忍呢？
看看内政部的职能，大家都吓了一跳，这可是一个强权新部门啊。
按照刘浩然的设定，原巡检总署撤销，直接由内政部管理。内政部设治安司、刑事司、户管司、理计司、庶务司、消防局和边境局，分别主管社会治安、刑事侦查、户籍管理、经济犯罪、部政内务、消防管理和出入境管理。社会治安、刑事侦查和从户部分出来的户籍管理不用说了，经济犯罪刘浩然原本不想设的，因为有个廉政公署在那杵着，行贿受贿、贪污挪用，它都可以查办。可是随着大明经济的发展，诈骗、走私等经济犯罪活动开始多起来。廉政公署有些忙不过来了。而刘浩然当初设立这一部门主要是打击贪污贿赂行为，不是让他们去管诈骗走私的。
于是刘浩然干脆在内政部设立理计厅，专门负责对诈骗、走私等经济犯罪进行打击。消防设立是由于去年南京城东市一场大火差点酿成大祸，幸好有驻守的大内亲军、南京陆海军官学院的学员冲上去了。这一事件让刘浩然意识到，随着大明的发展，各城镇将开始逐渐繁荣，届时一把火烧起来，辛辛苦苦积累起来的财富可能瞬间化为灰烬，不得不重视。边境局的出入境管理也是从户部分过来的，现在进出大明的人越来越多，必须由一个强权部门来执行这一事务了。
内政部分设的各厅直接指导各省、府、县的巡检机构工作，而各地的巡检刘浩然也做了调整。省设内政厅，府县设内政局，专门负责各地的社会治安等工作。
刘浩然还提出新设南京内政大学，各省设立内政专学，专门为内政机构培养人才。刘浩然将各地的巡检分类，一是巡捕，专门负责社会治安，平日四处巡逻，处理地方和道路的应急事务，预防和阻止犯罪，相当于另一个世界的巡警和交警；二是刑捕，专门负责侦查已发生的刑事案件，侦破后交由都察御史官署公诉；三是户检，也就是负责户籍统计调查以及百姓日常纠纷调解，相当于另一个世界的户警加片警。因此各县内政局分设巡捕队、侦缉队、户检科和消防队，各府内政局则分设巡捕处、侦缉处、户检处、消防处和理计处、理计队，各省内政厅分设巡捕局、侦缉局、户检局、消防局、理计局、边境局，负责对下属巡检局的工作管理和指导。
刘浩然按照另一个世界的警衔制度为内政部设定了相应的级别，从低到高分别是一级、二级、三极巡检，一级、二级、三极检正，一级、二级、三极检司，一级、二级、三极检点， 正都检、副都检。
按照刘浩然的规定，各级内政局（厅）主簿、主事、佥事有权调动当地平级的巡防营，如县内政局主簿可以调动当地的巡防队，府内政局主事可以调动该府的巡防营，省内政厅佥事则可以调动该省巡防司下辖的所有巡防营。
法务部被分出很大一部分权力后，它的主要职责没有变，依然负责保障律法的施行，维护官府的律法利益和保障律法对所有百姓的权益，依然下属典狱司、民权司、法务司和调查局；依然对监狱、特赦、假释、司法宣传等管理工作，调查局依然是通过调查违反刑事律法和重大案件的行为来维护律法，保护我朝免受敌对势力奸细破坏活动的威胁，在律法允许的范围内为中枢、各省、府、县官府提供执法帮助；依然承担国家“法人代表”的职责，而民权司则多了一项权力，对内政部这个强力执法部门的行为进行监督。
另外一个负责监管内政部行为的机构则是都察御史官署，按照刘浩然提出的新规定，内政部门只能依法拘留百姓三十六个时辰，要想正式逮捕起诉，必须经过地方都察御史的批准，刑事案件也必须经过拥有国家公诉权的都察御史才能向按察司提起诉讼。而都察御史除此之外，有权阻止内政部门任何一项违反律法的行动。