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肖远发现问题，是在对03:12:31以后的数据包的分析过程中，这时不同的数据包并不完全相同，说明世界还没有完全静止下来。
分析工具一边比对每一次的内存数据样本，一边将这些数据以图表的形式展示出来，便于肖远更直观的观察这些数据的变化特征，只不过因为分析数据要花费一定的时间，所以，图像的变化比起god程序的监控图像来，变化慢了很多。
因为这里的图像和god监控程序的显示原理一样，所以显示出来的图形也与那里的完全相同，刚开始的时候，图像上一个与其他地方有着明显分别区域在缓慢的四处移动，肖远知道这个漩涡是种子的代码在世界中的映像。
看着种子的映像仍然存在，肖远想起第一阶段的分析中，那些不再发生变化的内存影像中，好像种子不见了。
“它难道被抹杀了？”肖远盯着电脑屏幕上的分析过程，心中暗暗思忖，“不应该的，如果种子被抹杀的话，god应该会很快就将世界的平衡恢复，但是事实是没有恢复，这其中一定发生了什么我没有想到的事情。”
“咦，怎么回事？”正在思考的时候，肖远发现原本在图像上还十分明显，一眼就能分辨出来的种子突然消失了，接下来图像又变化了两帧，就静止了，既没有继续恢复平衡，也没有因为不平衡而继续变化下去。
肖远暂停了分析软件，从图像静止下来的时间点提取了一个内存样本，拿来和最后的内存样本文件进行了对比——完全一样。
“种子突然消失了，然后god也不工作了，有点儿像同归于尽。”
肖远再次回放了刚才的图像演变过程，瞪大了眼睛盯着屏幕上的图像，想要看清楚在图像消失的一瞬间，究竟发生了什么，但是却一无所获。
于是他干脆不让图形自动运行了，而是手动让这些图像一帧一帧的出现，仔细观察，在图像消失的上一帧停了下来，仔细观察了一下，仍然是没有发现什么问题，于是他将这一帧的内存样本提取了出来，从中将种子的代码单独提取了出来，对其进行了反汇编。
得到种子程序这一时刻的汇编程序后，肖远发现得到的它和种子未放入世界进行进化之前的程序相比，已经发生了很大变化，阅读时给他的感觉就像在阅读一段全新的程序一样，要知道这个程序根本就是出自他手。
“看来种子真的自我进化了，只是它为什么会自动消失呢？”肖远努力在代码中寻找着种子自动消失的痕迹。
将程序通读了一遍，肖远发现进化后的种子程序无论是长度还是复杂性都增加了很多，其中存在一段奇异的代码。
“这应该就是种子能够突然消失的原因了。”肖远觉得自己似乎已经找到了答案，但是这段代码很晦涩，难以理解，这让他感到有些受伤。
“见鬼了。”肖远不由得骂了一句，然后反复读了几遍这段代码，并将其中涉及到的寄存器，以及寄存器之间的数据流向绘制成了图像，并找来一本这台工作站的cpu编码的详细手册，一点一点儿加以对照。
所谓读书百遍，其义自现，程序也是如此，反复读过几遍后，肖远越来越觉得这两端程序有些非比寻常，并有种隐隐的预感，读懂这两端程序将是他解开种子程序以及god程序反常表现的关键所在。
终于，肖远从这些代码中找到了最关键的逻辑，却被他的发现下了一跳，甚至有些难以置信，因为这段代码竟然用一种很巧妙的方法完成了一个远程跳转，跳转到目的地已经超出了god创造的世界的内存范围，它所使用到的指令竟然是工作站cpu的一段特殊的指令序列，而这段指令肖远事先根本就不知道，更不会写到程序中。
肖远心中疑惑，如果不是他有非常丰富的阅读代码的经验，手边又有cpu指令集的详细资料可查，这段代码究竟是干什么用的，就算他读上一百遍，恐怕也不会知道的。
“只是种子程序的代码里怎么会有这样的代码段了？”
肖远对这个现象倍感不解，觉得不把这个现象搞清楚，会很不甘心，于是他再次将没有反汇编之前的种子二进制代码拿了出来，决定从二进制代码入手，试试能找到什么端倪不能。
直接阅读二进制代码显然是不可行的，好在肖远手里还有另外一个工具，这个工具的界面分成左右两栏，左栏是二进制代码，右栏是二进制代码对应的汇编代码，两边对照着阅读，就不是那么困难了。
可惜这样反复读了两遍，肖远还是没有发现什么规律，随即意识到自己的研究思路有点儿问题，种子的这段程序一定是进化而来的，也就是说它的代码本身也是在不断演变的，自己这样静态的看，本身就有问题。
既然意识到了问题，肖远马上改变了策略，将多个内存样本中的种子程序的二进制代码截取了出来，然后对这些不同时间点的二进制代码进行了纵向比对，重点关注了那段奇异代码的演化过程，并不断对比手边的cpu指令手册。
经过一番比对，肖远又想到种子程序的进化还受到god程序的影响，于是又将god程序代码拿来，横向纵向做了很全面的分析比对，两个小时后，他终于搞明白了这段代码的来历，心中却暗暗惊异。
首先要确定的一点，这段代码并不是凭空产生的，种子程序虽然具有一些初步的进化功能，但是还没有智能化到自主的分析cpu指令集，并加以利用的逆天程度，但是它的来源却也让肖远感到了一场惊奇，因为这段代码是从god程序中学习而来的，而god的程序中的这段代码来自于汇编时，汇编程序对它进行的自动优化。
更让肖远感到惊讶还有另外一件事情，种子程序学习到的这段代码竟然利用了god程序自身的监控机制存在的一个漏洞，执行后悔进行跨区段远程跳转，将自己复制到了god程序的代码段中，而肖远设定的种子规则中，有一条是禁止种子进行自我复制繁衍，因此当种子将自己复制到god代码段中时，世界中的种子自动进行了自我销毁。
种子侵占了god程序的代码段，结果导致与god程序代码段有一部分被破坏掉了，从而失去了一部分功能，而这部分功能恰恰是世界的平衡修复功能，因此才会出现种子突然消失后，世界中虽然存在大量不平衡，但是god却没有再对其进行修复的现象。
而种子在进入god程序的代码段之后，自身安全的到了保障，再也没有被修改或抹杀的危险存在，于是按照肖远最初设定的进化模型，它的自我进化也就停了下来，代码也不再运行。
“真想不到啊，这段程序竟然能够找到god程序的一个漏洞，究竟是巧合呢，还是它自我进化的原因，我需要再做一下试验……”
肖远发现了有些很有意思的东西，进而产生了一些新的想法，于是再做几个试验，加以验证，如果这些想法成立的话，他觉得自己似乎找到了一个非常实用的大杀器。